Ecologie des agents pathogènes : environnement et risques infectieux

Lors de la Conférence Internationale sur la Biodiversité et les discussions tenues lors de la session « diversité microbienne et société » (UNESCO, Janvier 2005), il a été conclu que devant le problème récurrent des infections opportunistes et l’émergence (ou la ré-émergence) de micro-organismes pathogènes, il était urgent d’investir de façon plus soutenue le domaine de l’écologie des micro-organismes pathogènes (incluant les opportunistes). Ces recherches doivent poursuivre [’analyse du milieu hospitalier mais il est devenu essentiel de mieux connaître les environnements urbains, périurbains, et agricoles où se multiplient et « évoluent » ces micro-organismes. Notre société est confrontée, et le sera d’autant plus avec le vieillissement et l’augmentation de la population humaine mondiale, aux infections opportunistes et aux agents infectieux émergents. Il devient donc prioritaire d’identifier les pratiques et de comprendre les événements, éléments et propriétés microbiennes favorisant la multiplication, la survie, et l’émergence d’agents infectieux dans ces environnements. Il devient important d’étudier les raisons du succès écologique de ces micro-organismes et d’apprendre à gérer leurs populations. Lors de la conférence Internationale sur la Biodiversité, il a également été conclu que les sciences « -omics » (génomique, transcriptomique, protéomique, métabolomique) pourraient contribuer à la résolution de ces problèmes d’écologie microbienne. L’analyse des complémentarités métaboliques et des réseaux biologiques pourrait permettre de mieux comprendre les propriétés microbiennes et états cellulaires favorisant une colonisation de l’Homme par les agents pathogènes.

Quelques actions du PNSE rentrent dans le cadre de l’écologie des agents pathogènes. Citons :
- La protection de la totalité des captages d’eau potable, une action qui concerne bien sûr aussi la pollution chimique, d’origine agricole. « ... 21% des unités
de distribution d’eau de consommation présentaient des non conformités en ce qui concerne les bactéries... ». Les raisons de cette non-conformité ne sont pas indiquées ; sont-elles la conséquence des pratiques agricoles ou de la gestion des eaux usées ? Une activité de recherche « en microbiologie des eaux » qui aborderaient ces questions
d’écologie microbienne pourrait fournir des réponses. Par exemple, des modifications de la
« diversité microbienne » incluant les agents pathogènes, dans les ressources en eau de ces zones, en fonction des nouveaux paramètres physico-chimiques des eaux, seraient potentiuellement la conséquence de la modification des pratiques agricoles.
- Mieux connaître les déterminants de la qualité de l’air intérieur, avec le cortège d’agents allergisants. L’air, tout comme l’eau, est le vecteur d’une grande diversité de micro-organismes, dont certains sont pathogènes. Les micro-organismes sont généralement véhiculés par des supports de taille variable : poussières, gouttelettes, aérosols.
- réduire l’incidence de la légionellose, dont il est question plus loin.

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