Les protocoles des études ont fait l’objet de commentaires de la part des Champlanais, concernant les échantillons (leur représentativité, en particulier leur taille, et leur composition) et la méthode de mesure (le facteur temps et la durée). Par exemple la taille des échantillons a été jugée par certain trop faible pour être représentative de la population. La durée des études a pu être perçue comme trop courte pour aboutir à des résultats qui reflètent la réalité de la situation des Champlanais. La période choisie pour les mesures de bruit et de pollution atmosphérique a été remise en cause par certains au motif qu’elles n’avaient pas été faites aux périodes à fort trafic routier, aérien (ex : départs en vacances estivales) ou aux périodes de plus fortes chaleurs. Des discussions ont eu lieu sur le temps d’intégration des mesures, les moyennes utilisées ne permettant pas de rendre compte des éventuelles phénomènes de « pics » (étude bruit notamment).