L’écotoxicité des médicaments est jugée a priori peu élevée. Mais les données reposent jusque-là sur des tests visant à déterminer les concentrations des effets aigus ou les concentrations létales. D’autres tests chez les poissons sur des durées plus longues semblent avoir des résultats plus alarmants.
Certains résidus de médicaments apparaissent particulièrement préoccupants, tels ceux résultant du rejet d’anti-cancéreux, d’antibiotiques et de produits de contraste rejetés par les hôpitaux. Les rejets massifs d’antibiotiques à usage vétérinaire dans les sols sont susceptibles d’en altérer la microflore et d’entraîner des transferts de résistance aux antibiotiques. Autre sujet de préoccupation : le rejet de grandes quantités d’hormones stéroïdiennes qui pourraient à très faible dose perturber la reproduction d’espèces aquatiques (à l’instar d’autres perturbateurs endocriniens : PCB, pesticides, BPA, phtalates…).
Au-delà des conséquences environnementales, on peut s’interroger sur l’impact sanitaire résultant de la consommation, via les aliments et l’eau.