La diffusion des médicaments dans l’environnement pose de nombreux problèmes pour plusieurs raisons. Elle tient tout d’abord de la difficulté à appréhender les impacts potentiels de la contamination des substances contenues dans les médicaments sur l’ensemble de la chaine trophique (effets cocktails, polluants secondaires, mécanismes de diffusion compliqués) ; d’autre part, de l’impossibilité de connaitre de manière exhaustive les écosystèmes, notamment du fait de leur complexité, et de tenir compte des variations dans la sensibilité des espèces. Enfin, les outils actuellement utilisées sont loin d’être précis : la méthode conventionnelle se contente d’extrapoler les résultats sur la toxicité aiguë pour calculer des concentrations prédites sans effets et estimer les effets chroniques.

L’incertitude liée aux écosystèmes et à l’impact des IPAs est d’autant plus inquiétante qu’en cas de contamination avérée, c’est tout l’écosystème qui serait touché, la contamination d’une seule espèce étant source de contamination pour les autres. Les effets sanitaires sont également une préoccupation puisque les espèces animales peuvent être consommées : ainsi les effets peuvent toucher l’économie locale puis la santé humaine via l’ingestion de substances dangereuses.