La problématique est complexe ; elle est tout d’abord liée à la multiplicité des sources d’émission de médicaments et de leurs métabolites dans l’environnement (principalement l’excrétion mais aussi les MNU, rejets industriels, élevage et traitements vétérinaires...) ainsi qu’à la multiplicité des molécules de principes actifs ayant des effets extrêmement variés dans l’organisme pour traiter une multitude de pathologies. Il en découle une complexité des mécanismes de toxicité de ces produits.
Une autre difficulté est représentée par la méconnaissance des effets chroniques sur les espèces aquatiques, actuellement estimés par extrapolation qui est une source d’erreurs.
D’autre part, la modélisation pour l’évaluation des expositions est difficile à réaliser et il existe une possibilité de persistance et de bioaccumulation de produits pharmaceutiques dans les écosystèmes aquatiques.
Tous ces facteurs sont à l’origine d’une inquiétude sur l’atteinte des écosystèmes et les impacts sur les services rendus par l’environnement ainsi que sur les impacts sur la santé humaine de par les activités liées à l’eau et la consommation.