Sur le plan environnemental, la diffusion des médicaments est très préoccupante :
en effet, leurs modes d’émission sont plutôt difficilement contrôlables, l’émission ponctuelle à travers l’épandage des boues de stations d’épuration au niveau du sol ou le rejet d’industrie chimique d’une part, et d’autre part l’émission diffuse dans les effluents avec les déchets domestiques et les excrétions humaines et animales.
par ailleurs, même certaines substances médicamenteuses diffusées à de faible dose entraînent des impacts significatifs sur la flore et la faune tels la résistance aux antibiotiques ou la modulation endocrinienne... Or, ces effets ont été très peu évalués et les connaissances sont ainsi encore limitées
de même, les effets à long terme de ces expositions aux ingrédients pharmaceutiques actifs ou IPA de la faune, de la flore et de l’ensemble de l’écosystème sont encore très mal-connus.