La contamination des milieux se fait majoritairement via les excrétions humaines ou animales (traitement médicamenteux des animaux d’élevage et domestiques), et par les effluents industriels.

Lorsque les rejets se font dans les eaux usées, les substances après traitement par la station d’épuration se retrouvent dans les épandages de boue d’épuration ou sont rejetées avec les eaux « épurées » car les taux de destruction et de rétention sont très variables suivant les substances.

Lors de l’épandage, les substances contaminent les sols, puis par infiltration les eaux superficielles et souterraines, et donc les eaux destinées à la consommation humaine. Il semble que les plantes alimentaires, ainsi que les animaux d’élevage soit également touchés.
Il est à noter que, et que parfois les stations d’épuration transforment certaines substances et leurs redonnent une forme biologiquement active.

Ainsi par le biais de l’eau, les sols, la faune et la flore sont également contaminés. La contamination est variable car elle dépend de plusieurs facteurs : quantité fabriquée, métabolisation chez l’homme et l’animal, propriétés physico-chimiques des substances et sa biodégradabilité ainsi que celle de ses métabolites dans l’eau, les sols et les chaines alimentaires.