La multiplicité des sources de pollution (pollutions diffuses et ponctuelles) associés à une pluralité des substances et la présence concomitante d’autres substances potentiellement toxiques mais non médicamenteuses (pesticides, métaux, …). Face à une telle multiplicité, on aussi confronté aux problèmes méthodologiques pour la mesure de la concentration des médicaments dans les compartiments environnementaux.
 Difficultés de l’évaluation des risques correspondants aux doses auxquelles les IPAs sont présents dans l’environnement. Ces difficultés se traduisent principalement à des difficultés classiques de passage des fortes aux faibles doses, les incertitudes liées aux différences d’espèces utilisées pour les tests...
 Les résultats de tests toxicité aiguë indiquent une sensibilité élevée des algues aux médicaments. Cela pourrait être à l’origine d’une rupture de la chaine alimentaire dans certains écosystèmes. La sensibilité est faible pour le poisson, mais à long terme, cette sensibilité devient élevée.