Parmi les raisons qui font des « résidus de médicaments » un sujet préoccupant sur le plan environnemental, on distingue :
  La diversité des sources d’émission des substances médicamenteuses. En effet, il y a l’excrétion par l’homme et les animaux en plus des rejets des usines pharmaceutiques.
  L’impact néfaste de ces substances médicamenteuses sur la faune et la flore ainsi que les éventuels risques sanitaires pour l’homme (puisque certaines substances médicamenteuses persistent, après épuration, dans l’eau potable).
  Certaines molécules sont par nature très actives biologiquement. Ainsi, les molécules-mères ont été conçues pour avoir une activité sur la matière vivante. Ces molécules peuvent modifier les mécanismes biologiques d’espèces non-cibles (les virus, les bactéries, les champignons et les parasites du milieu aquatique).
  Aussi, la difficulté de mesurer l’impact à long terme de ces substances médicamenteuses sur la santé de l’homme et sur l’environnement.