Difficulté à évaluer les risques lors de la diffusion de chaque substance médicamenteuse ou son métabolite pour l’Homme et dans l’écosystème. Ainsi les fabricants des produits pharmaceutiques sont tenus d’évaluer le risque environnemental des médicaments dont ils souhaitent avoir l’autorisation de mise sur le marché (AMM). Ce manquement a fournir l’impact environnemental ne peut toutefois être un objet de refus de mise sur le marché par les autorités.
Le milieu hospitalier est le plus grand producteur des médicaments dans les effluents, ces effluents n’étant pas traités sur place, les substances pharmaceutiques vont se retrouver dans les eaux usées de l’agglomération et gagner les stations d’épurations de la ville avant le rejet d’une partie dans le milieu. Cette situation doit donc conduire les pouvoirs publics a l’installation de systèmes de traitement des effluents des hôpitaux, ce qui constituent des grandes dépenses supplémentaires.