Ce problème est particulièrement difficile à résoudre parce que les médicaments sont conçus pour être réactifs de part leur propriété. Ils doivent également être rejeté dans la nature par l’organisme les des voies d’excrétion.

Sa gestion est difficile parce qu’il est pratiquement impossibles d’éviter la présence des médicaments ou leur résidu dans la nature. En outre, leur mécanisme d’action varient en fonction du milieu (pH, température,...), des organismes (poissons, batraciens, homme...). On se retrouve face à un dilemme qui de pouvoir soigner les personnes ou les animaux sans que la même substance ne soit un poison pour la nature soit directement ou par mécanisme réactionnel avec d’autres composés