La difficulté de résoudre ce problème réside à 2 niveaux. Premièrement, comme nous l’avons souligné dans la question précédente, les médicaments fabriqués pour soigner, ne peuvent bénéficier d’une réglementation rigoureuse. Même si ils l’étaient au niveau de la fabrication, cette réglementation toucherait difficilement la consommation qui pourtant constitue l’une des sources non négligeables de la contamination environnementale.

Deuxièmement le coût et l’efficacité du traitement. En effet, pour mieux traiter les eaux usées, une connaissance de leurs contenus est nécessaire. Si l’une des sources de contamination (des produits pharmaceutiques), les eaux provenant directement des industries, peut se révéler un peu facile à diagnostiquer, celles de l’autre source (urine et fècés) ne l’est pas et nécessiterait un coût plus élevés pour la collecte et son traitement.

Par ailleurs, le grand dilemme apparaît dans la gestion des boues résultant du traitement de ces eaux usées. En effet, d’après les techniques actuelles de traitements des eaux usées, les boues sont utilisées entre autre pour l’épandage dans l’agriculture. Dans le cas typique des produits pharmaceutiques, l’épandage est justement l’une des sources de contamination. Si en plus on conçoit des systèmes adaptés pour retenir les produits pharmaceutiques dans les usées, les boues qui y proviendront auront une concentration beaucoup plus élevée en produits pharmaceutiques. L’épandage pour l’agriculture étant exclue, comment gérera-t-on ces boues tout en épargnant les milieux naturels d’éventuelles contaminations  ?