L’accumulation des médicaments dans les effluents pose problème et celui-ci est particulièrement difficile à résoudre.
En effet, il existe plusieurs enjeux dans le système de traitement (station d’épuration, de potabilisation) de l’eau.
 il existe une grande diversité de familles de molécules et leurs produits de stabilisation ;
 outre les médicaments à usage humain, il existe des médicaments vétérinaires et cosmétiques ; les connaissances sur l’impact sanitaire et environnementales n’étant pas maitrisées.
De l’autre coté, la collecte et l’épuration des eaux usées domestiques, hospitalière et de la boue ne sont pas efficaces. Une grande partie des concentrations d’IPA est due aux rejets des stations d’épuration qui, selon les scientifiques, ne constituent pas une barrière significative. Les résidus de médicaments, lorsqu’ils ne sont pas totalement dégradés dans l’organisme, sont excrétés dans les selles et les urines sous leur forme initiale ou sous la forme d’un ou plusieurs métabolites, ce qui pose un problème pour sa résolution.

Un dilemme qui se pose aux pouvoirs publics par rapport à sa gestion est qu’
’’il faut identifier à la source les produits toxiques et s’interroger sur leur possible substitution, modifier l’architecture des bâtiments en revoyant notamment les systèmes de canalisations et trouver le mode de traitement. Les médicaments sont en effet des substances biologiquement actives qui se caractérisent par une grande diversité de structure chimique.