En pratique l’enjeu de la diffusion des médicaments est de taille si on tient compte que l’eau est le réceptacle et vecteur de diffusion de ces substances. Diverses études montrent à quel point les milieux aquatiques sont concernés par ce type de nuisance, même après traitement, un grand nombre des médicaments restent dans l’eau et encore à des concentrations minimes, les conséquences d’une exposition chronique pour les organismes aquatique commence à être évidentes (féminisation chez les poissons par exemple). Cependant, à l’heure d’aujourd’hui selon diverses études, il n’existe pas des certitudes par rapport aux effets nocifs de telles substances dans l’eau destinée à la consommation humaine. Étant donné que les pouvoirs publics nécessitent des preuves scientifiques pour apporter des éléments déclenchant un procès de gestion, les efforts envers la compréhension des conséquences et la prise de conscience de la magnitude du problème restent des ralentisseurs fragiles sur le papier d’une menace latente. Le dilemme est donc posé, si on n’a pas des preuves, Est-ce qu’on intervient ? Est-ce raisonnable d’appliquer le principe de précaution et risquer d’affaiblir la confiance de la population envers l’assainissement des cours d’eau et de l’eau potable en elle-même ? Qui va trouver les solutions et qui va payer pour les mettre en place ? Priorité à la santé humaine, la santé des organismes aquatiques ou au développement biotechnologiques et économique ? Mais une fois accepté la présence constatée d’un niveau diverse des médicaments dans les cours d’eau même l’eau potable, la vrais question est de savoir comment gérer ces substances médicamenteuses ou ses métabolites s’il n’est pas envisageable de renoncer à son utilisation professionnel (élevages) comme privé (hôpitaux, maison) et que l’on ne dispose pas des données nous permettant de parler d’un niveau sans risque. Est-il possible de trouver un compromis entre les différents acteurs publics et prives ?