La pollution aquatique par les médicaments et leurs résidus est de nature diffuse. En effet, les IPA sont excrétés par les consommateurs de médicaments, ce qui représente un déversement difficile à éviter. Par ailleurs, il faut considérer cette problématique dans le cadre d’une approche par bassin versant, pour une meilleure compréhension de l’aspect cumulatif des polluants dans l’eau. Dès lors, à cette échelle, on peut comprendre que la question des médicaments dans les effluents se situe dans un cadre beaucoup plus large : celui de la qualité de l’eau d’une part et de la santé publique d’autre part, domaines qui possèdent de nombreux recoupements.

Pour réduire l’impact environnemental des médicaments sur le milieu aquatique, les pouvoirs publics peuvent adopter plusieurs stratégies, qui soulèvent d’autres questions :
 on pourrait envisager une réduction des émissions de médicaments à la source en réduisant la consommation par les usagers. Or il a été constaté une forte augmentation de la consommation de médicaments depuis plusieurs années, les Français figurant parmi les plus gros consommateurs de produits pharmaceutiques. On se heurte alors à des questions de santé publique et il semble difficile de remettre en cause la commercialisation d’un médicament sur la base de son devenir dans l’environnement. En tout cas, une approche cloisonnée de ce type d’enjeu (la santé d’une part, la préservation de l’environnement d’une autre) ne permet pas de déceler la dynamique et l’interdépendance de ces systèmes. Toutefois, certains acteurs, en dehors de toute considération environnementale directe, dénoncent la surconsommation de médicaments. C’est le cas des professeurs Philippe Even et Bernard Debré qui ont publié un Guide dans lequel ils proposent de retirer du marché des médicaments dangereux pour la santé, inutiles ou inefficaces.

 on peut également envisager une réduction des expositions du milieu aquatique par une amélioration du traitement des effluents dans les stations d’épuration. Toutefois, cette amélioration technique ne résout pas le problème du devenir des IPA dans l’environnement mais le déplace d’un milieu naturel vers l’autre. En effet ce seraient alors les boues d’épuration qui fixeraient de plus fortes concentrations en IPA potentiellement toxiques et la question de leur épandage ou élimination serait alors à considérer avec attention.

En conclusion, les pouvoir publics au travers de la problématique de la diffusion et de l’accumulation des médicaments dans les effluents se trouvent donc confrontés à un dilemme majeur : celui de l’arbitrage entre enjeux environnementaux, dans une perspective à long terme avec la pollution chronique des milieux aquatiques et enjeux sanitaires dans une perspective plus immédiate avec l’accès des populations à des médicaments sensés améliorer leur état de santé. Pour appréhender un tel dilemme, une approche globale et multisectorielle est indispensable.