La difficulté de gestion des effluents contaminés aux médicaments pose des problèmes financiers tant pour la limitation des rejets à la source d’émission (industries pharmaceutiques, établissements de santé, usages domestiques…) que pour le traitement des eaux usées par les stations d’épuration.
Sur le plan technologique se pose également un problème quand à la maîtrise des procédés de neutralisation de l’activité des métabolites pharmaceutiques.
De même, sur le plan social, la gestion des problèmes y relatif est difficile parce que, la perception du danger que représente les médicaments est perçu différemment par les différents acteurs et publics.
Que faut-il privilégier entre l’amélioration de la santé des populations dans l’immédiat, avec des conséquences environnementale à long terme, et la préservation de l’environnement pour une meilleure santé tout en sachant qu’à long terme le moyen utilisé causera un autre problème de santé publique ? Les pouvoirs publics étant partie prenante dans la mise sur le marché des médicaments.