Le danger primordial lié à la présence des médicaments dans les effluents est surtout la difficulté de contrôle de leur largage ; dans les pays en voies de développement où les stations d’épurations sont de nombres limitées il s’avère que les effluents se trouvent dans le milieu naturel avec les conséquences qui s’en suivent par contre dans les pays développés bien que les STEP peuvent résoudre en partie les problèmes de largage sa technologie limitée ne permet pas d’éliminer en entier l’exposition de l’homme par non biodégradabilité de certains médicaments, l’homme serait accidentellement vulnérable par de nombreuses voies il en est par exemple de l’infestation par de germes résistantes via l’ingestion des aliments contaminés ou des cultures par des eaux issues des fleuves contaminées.
L’autre volet du problème est liée à la difficulté de mesure (impact sanitaire et exposition), en effet les effluents peuvent renfermer d’innombrables substances chimiques y compris les médicaments ce qui fait que leurs comportements mélangés sont difficiles à prévoir (effets agonistes et synergiques) et même une liste exhaustive avec leurs concentrations respectives pour évaluer l’exposition via les effluents constitue un coût et travail énorme.
Il en est de même de difficulté de mesure d’impact environnementale des médicaments, la mesure de toxicité par les mesures usuelles PEC/PNEC ne permettent pas de mesurer les effets dans le long terme spécifique des médicaments, le problème des boues d’épandages issues de ces effluents du fait de l’inexistence donnée de toxicité pour les espèces du compartiment terrestre, l’extrapolation de la toxicité de l’homme à la toxicité environnementale introduction de facteur correctif comme celui du passage de l’animal à l’homme pas du tout évident.
Enfin la charge en médicament des effluents proviennent de différentes sources si disparates qu’il est bien difficile de mettre en place un modèle unique de contrôle, en effet il est invraisemblable de mettre en place un système unique qui peut répliquer à la fois à des sources de pollution si différentes provenant des MNU passant par les industries pharmaceutiques des déchets de ménages et des activités de production.