Comme toute méthode ExternE, présente des limites doivent être posées. Les limites de la méthode résultent principalement de l’utilisation des valeurs moyennes pour la concentration des polluants dans les modèles de transmission et d’exposition. C’est pratiquement dans le cas des événements involontaires.
Si en prenant le cas du nucléaire comme exemple la méthode d’ExternE présente ses limites dans Les estimations pour les accidents nucléaires, les déchets radioactifs à haute activité, la prolifération nucléaire et le terrorisme.