La différence se base sur les méthodes et hypothèses des deux études. L’étude en 1998 approfondi et améliore les recherches effectuées en 1995. La méthodologie globale en 1995 a servi de base afin d’évaluer, dans ExternE 1998,

 les impacts des différentes énergies en termes d’effet de serre ayant un effet considérable sur la valeur du CO² et la valeur statistique de la vie humaine.
 l’amélioration de la prise en compte des accidents majeurs en évaluant le coût de la mortalité, non pas en multipliant le nombre de décès par la valeur statistique de la vie humaine, mais au prorata de la réduction de l’espérance de vie.
 et la définition d’intervalles de confiance pour les résultats obtenus.

La méthode se diffère aussi dans la méthode de mesure de la fonction dose-réponse sur la santé. Elle ne se limite plus à la mortalité aigüe mais prend en compte la linéarité de l’impact incrémental ainsi que toutes les fonctions dose-réponse au dessus de la concentration préexistante. ExternE 1998 considère aussi la fonction dose réponse pour les cancers.