L’agrégation des coûts externes (selon les sources de pollution) pour obtenir un coût externe global d’un combustible introduit un biais dans le résultat pour les raisons suivantes : elle suppose en tout état de cause que les composantes du coût soient des variables indépendantes. Or, les études croisées sur les interactions des polluants sont rares et semblent constituer une limite aux connaissances épidémiologiques actuelles. Ce qui fait que l’étude ExternE ne peut que réfléter une indépendance supposée des effets des polluants.