Agréger des coûts externes (selon les sources de pollution) pour obtenir un coût externe global d’un combustible introduit un biais dans le résultat en ce sens que le cœur de cible d’ExternE a été défini comme étant la production d’électricité et les transports. Ensuite, ce n’est que par raccroc que l’étude a porté sur l’utilisation de l’énergie dans l’habitat, au travers des économies d’énergie. De plus, le traitement des rejets est beaucoup plus efficace sur un plan technique pour des sites centralisés de production d’électricité que pour des sites décentralisés. Ceci pourrait ainsi fausser l’évaluation des impacts des politiques de réduction des émissions polluantes.
Par ailleurs, il est important de souligner que les externalités positives ou économies externes ne sont pas prises en compte expressément par l’étude. Mais c’est plutôt des études complémentaires qui ont été faites pour la sécurité d’approvisionnement.