Agréger tous les coûts externes pour en former un global induirait un biais puisque ExternE est avant tout, une étude plutôt comparative où il est préférable de tenir compte des valeurs relatives plutôt qu’absolues.
Agréger des coûts externes selon les sources de pollution pour obtenir un coût externe global d’un combustible peut introduire un biais dans le résultat. En effet, évaluer le coût externe global d’un combustible se fait différemment selon les sources de pollution. Il est par exemple précisé que, pour certaines formes d’énergies, on considère aussi la fabrication des matériaux dans le cycle. Une méthode de calcul spécifique doit être adaptée à chaque cas.
Aussi, dans l’étude on considère que chaque coût est indépendant des autres et qu’aucune interaction n’existe, pourtant nous savons qu’il peut exister un cumul des coûts dû aux nuisances . On peut prendre l’exemple du facteur pollution qui est isolé de celui de l’état de santé des populations exposées à cette pollution.