En effet, l’agrégation des couts externes selon les sources de pollution pour pouvoir obtenir un cout externe global introduit un biais dans le résultat, à titre d’exemple on peut considérer que la
sensibilité au NOx et donc le dommage occasionné à l’organisme par ce polluant
ne soit pas indépendant de la présence d’un autre polluant comme les SOx. Mais l’étude ExternE ne peut que refléter cette indépendance supposée des effets des polluants, ce qui constitue une limite de connaissances sur les interactions des polluants.