Agréger des coûts externes selon les sources de pollution pour obtenir un coût externe global d’un combustible pourrait introduire un biais dans le résultat car les connaissances actuelles des études croisées sur les interactions de polluants sont rares.
Il faudrait donc savoir si les effets de chaque polluant pris en compte pour le calcul sont indépendants de la présence des autres polluants ce qui constitue une limite du fait de faibles connaissances actuelles en la matière.