Agréger les coûts externes (selon les sources de pollution) pour obtenir un coût externe global d’un combustible introduit un biais parce que les dommages occasionnés à l’organisme par un polluant ne sont pas absolument indépendants de la présence d’un autre polluant. Par ailleurs les coûts externes sont soit dérivés de systèmes de prix soit forgés à partir de méthodes de substitution. Il y a des incertitudes entachant les évaluations respectives des coûts privés et celles des coûts externes et la question des marges d’erreur sur les coûts externes demeure importante.