Le fait d’agréger des coûts externes selon les sources de pollution en vu d’obtenir un coût externe global d’un combustible pourrait introduire un biais dans le résultat puisque les connaissances actuelles des études croisées sur les interactions de polluants sont rares. Comment apprécier l’indépendance d’effets de chaque polluant pris en compte pour le calcul de la présence des autres polluants, élément qui constitue une limite du fait de faibles connaissances actuelles en la matière.