L’estimation du coût global peut faire appel à la comptabilité analytique des entreprises qui permet de cerner avec une erreur très faible les coûts de production. L’incertitude provient essentiellement des règles et des méthodes comptables utilisées. En revanche la question des marges d’erreur sur les coûts externes est importante. Ces erreurs sont sensiblement plus élevées que pour les coûts privés. Ce qui donnerait à une surestimation coût externe global.
Dans le cas d’une pollution avec plusieurs substances incriminés, il est souvent difficile d’appréhender tous les paramètres d’une pollution afin de ressortir la contribution individuelle et/ou collective de chaque substance aux effets externes. Le coût global peut se trouver sous-estimer ou surestimer en fonction des erreurs d’appréciation relatives aux contributions des différentes substances.