En fonction des différentes situations, il existe la possibilité de surestimation ou sous-estimation du coût externe global. En effet, si lors du processus d’agrégation, il a été attribué un plus grand (fort) coefficient aux effets externes d’une source alors que la contribution de cette source est en réalité plus faible (petite), alors il se produira une surestimation. Si à l’opposé, on sous-estime la contribution d’une source lors de l’agrégation, le coût externe global sera sous-estimé. Un mélange de ces situations peut avoir également lieu.

Pour l’énergie nucléaire, le risque est calculé, à partir de la relation linéaire sans seuil, en tenant compte des effets cancérigènes et génétiques (génotoxicité) provoqués par l’irradiation subie par les travailleurs professionnels et par l’ensemble de la population. Ce type d’estimation surestime considérablement les risques dus à l’irradiation à faible dose et donnent une grande marge de sécurité.

On peut supposer qu’on va prendre en considération deux fois les effets d’une même pollution par l’intermédiaire des phénomènes de pollution diffuse : dans le calcul du coût externe d’un combustible dû à cette émission de polluant proprement dite, et dans le calcul du coût externe d’un même combustible, dû cette fois à une pollution qu’on attribue exclusivement à un autre polluant alors que « le dommage occasionné à l’organisme par ce polluant ne soit pas indépendant de la présence d’un autre polluant ». On risque de surévaluer le coût externe global d’un combustible