On peut supposer qu’on va prendre en compte deux fois les effets d’une même pollution (via les phénomènes de pollution diffuse) : dans le calcul du coût externe d’un combustible dû à cette émission de polluant proprement dite, et dans le calcul du coût externe d’un même combustible, dû cette fois à une pollution qu’on attribue exclusivement à un autre polluant alors que « le dommage occasionné à l’organisme par ce polluant ne soit pas indépendant de la présence d’un autre polluant » (cf. ci-dessus l’exemple des pollutions au NOx et au SOx). On risque donc, cette fois-ci, de surestimer le coût externe global d’un combustible.