Une des principales difficultés rencontrées dans la mise en œuvre de cette méthode repose sur la définition des attributs et des relations qui existent entre eux. Tout d’abord, il est nécessaire que la définition des attributs n’évince pas de facteurs explicatifs importants, évitant ainsi des raisonnements « toutes choses égales par ailleurs » trop hasardeux. Par exemple, ne prendre en compte que le niveau de bruit comme service joint aux biens immobiliers ne permettra pas d’expliquer d’éventuels prix faibles lorsque le fond sonore est réduit, témoignant plus d’une absence d’activités aux alentours que des avantages liés au calme. Ce même exemple illustre aussi les problèmes de liaisons entre variables explicatives, obligeant à réaliser un grand nombre d’observations pour pouvoir déterminer de manière statistiquement pertinente le poids de chaque attribut.
Par ailleurs, la méthode des prix hédonistes fournit une valeur tout à la fois globale et incomplète de la pollution étudiée. La valeur est globale, dans le sens où les différents impacts se trouvent agrégés dans un résultat unique sans qu’il soit possible de retrouver le poids de chaque effet, ni de savoir si d’autres nuisances ne se trouvent pas inclues dans cette valeur finale ; la valeur est incomplète, car si elle fournit une indication sur la valeur d’usage du bien environnemental dégradé, elle ne prend pas en compte les impacts qui n’affectent pas le marché de l’immobilier (valeurs de non-usage, impacts agricoles par exemple). Dans le cas du bruit que nous avons pris en exemple, la méthode des prix hédonistes reste pertinente car la nuisance est relativement bien circonscrite, puisqu’elle affecte un unique type de récepteur (l’homme, à travers sa santé et son cadre de vie), qu’elle est directement perceptible et facilement mesurable. Dans le cas de la pollution atmosphérique, les impacts sont beaucoup plus diversifiés et diffus, sa perception est moins évidente et les indicateurs de mesure plus discutables : les coûts établis sur un marché connexe apparaissent dès lors plus difficiles à relier sans équivoque à cette nuisance (cf. Manière, 1999, pp. 166-67) [1]. En tant qu’estimation du CAP pour le silence et l’absence de pollution, cette méthode repose de plus sur l’acceptation implicite que les droits initiaux sur l’environnement ont été conférés aux pollueurs. De la sorte, on évalue le CAP des « victimes » de la pollution. Si, au contraire, on procédait à une évaluation sur la base d’un droit à un environnement non pollué, attribué à la collectivité, le prix de la pollution correspondrait à la somme demandée par les individus, en compensation des dommages soufferts. Cette compensation serait probablement plus élevée que le CAP pour se débarrasser de la pollution ; les prix hédonistes fournissent donc probablement une sous-estimation du prix de la pollution.
En outre, d’une façon générale, des différentiels de prix des biens immobiliers ne peuvent être identifiés que si la pollution est un phénomène local, de sorte que les individus disposent d’une réelle capacité de choix entre des sites différenciés. En fait, la pollution est souvent répandue en zone urbaine, de sorte que les comparaisons sont difficiles. En conclusion sur ce point, l’absence de marché immobilier parfaitement compétitif et informé rend difficiles les évaluations de prix hédonistes.