Les plus anciens exemples connus sont une carte du monde des maladies faite par Finke en 1792 (Barrett, 2000) et une cartographie des occurrences de la fièvre jaune dans le port de New York, publiée en 1798 (Stevenson, 1965). Le nombre de cartes des maladies a augmenté rapidement au cours du 19ième siècle mais celles-ci étaient plus un complément accessoire qu’une partie essentielle des rapports épidémiologiques. Le premier géographe qui a fait la cartographie des maladies était August Petermann (Diesfeld, 1995). Quand il a enregistré une épidémie de choléra dans les îles britanniques dans les années 1831 - 1833 (Petermann, 1852), la cartographie produite s’est révélée être un outil fondamental d’une qualité remarquable.
Au 20ième siècle (1900-1990), la cartographie des maladies a été dominée par la production de nombreux atlas nationaux et régionaux des maladies chroniques, en particulier le cancer, par exemple, l’Atlas des maladies du cancer en République fédérale d’Allemagne (Becker et Wahrendorf, 1998), l’Atlas mondial des maladies infectieuses (Rodenwaldt et Jusatz, 1952 - 1961), l’Atlas national de la mortalité des maladies au Royaume-Uni (Howe, 1963), l’Atlas Londres International du sida (Smallman-Raynor et al., 1992). Le Royaume-Uni et les États-Unis étaient parmi les premiers participants importants et les atlas publiés dans ces pays montrent une certaine évolution dans la méthodologie.
Au cours des deux dernières décennies, la cartographie des maladies a bénéficié de la révolution cartographique rendue possible grâce au développement de la cartographie informatique et des SIG. La nouvelle cartographie est numérique, dynamique et peut être réalisée par l’utilisateur (Schweikart, 1999). L’environnement technologique, scientifique et social dans lequel la cartographie opère et dans lequel les cartes sont produites et utilisées a considérablement changé. Des changements fondamentaux ont eu lieu dans l’acquisition, la gestion, l’analyse et la représentation cartographique des données géospatiales et les produits cartographiques peuvent être créés beaucoup plus rapidement et à un prix beaucoup moins élevé que dans le passé. L’Internet est devenu un support très important à travers lequel les données géospatiales et les cartes sont diffusées. La cartographie moderne fait face à un processus complexe d’organisation de l’information géospatiale, l’accès, l’affichage et l’utilisation des cartes ne sont plus conçus comme tout simplement des représentations graphiques de l’espace géographique mais comme les portails dynamiques interconnectés, distribués, sources de données géospatiales (MacEachren et Kraak, 2001).