Interrogations, perspectives et priorités en matière de pathogènes opportunistes

Le bilan des études sur les agents responsables d’infections opportunistes chez des individus fragilisés, immunodéprimés (cancer, SIDA, transplantés, etc..), ayant subi une antibiothérapie sévère, des soins invasifs (prothèse, intubation, sonde, cathéter), ou des traumatismes particuliers montre une méconnaissance importante des activités microbiennes favorisant la multiplication de ces bactéries hors du patient. Il y a, bien entendu, quelques démonstrations, dans la littérature scientifique internationale, d’infections de patients fragilisés par des souches de ces germes opportunistes retrouvées dans l’environnement hospitalier dont les siphons des éviers, les baignoires, ou par des souches dites environnementales (des sols, eaux, etc ;) et montrant des empreintes génétiques très voisines de souches cliniques. Par contre, ces études font peu état des
conditions de croissance de ces bactéries dans leur environnement d’origine, qu’il soit
environnemental où hospitalier, et des effets de certaines pratiques, biocides, polluants, modes, d’épuration des eaux, élevage intensif, agriculture intensive, etc) sur leur multiplication et leur évolution.

Les isolats environnementaux sont majoritairement obtenus de façon aléatoire, et décrits succinctement. Il y a peu, voire aucune, information sur les effectifs, la localisation, la structure génétique des populations de ces pathogènes dans l’environnement et leur effet sur le fonctionnement écologique des niches pouvant les abriter. Il y a peu d’informations sur leur virulence. Ce manque d’informations rend difficile toutes appréciations du risque associé à la présence de ces pathogènes dans l’environnement. Néanmoins, l’obtention d’un échantillonnage représentatif collecté sur une base rigoureuse soulève rapidement des difficultés liées au nombre d’isolats nécessaire. Il est évident que des méthodes spécifiques doivent être établies pour analyser ce très grand nombre d’échantillons. Le vieillissement de la population française et l’augmentation de la population humaine mondiale risquent, cependant, de favoriser l’augmentation des infections opportunistes. Il devient donc prioritaire d’identifier les pratiques et de comprendre les événements, éléments et propriétés microbiennes favorisant la multiplication et la survie de ces agents infectieux dans l’environnement, leur évolution et la sélection de variants génétiques. Il devient important d’étudier les raisons de leur succès écologique et d’apprendre à gérer leurs populations.

A titre d’exemple on peut citer un axe de recherche pour identifier et caractériser des environnements favorables au maintien et/ou à la dissémination de populations pathogènes opportunistes :
- Pseudomonas aeruginosa est fréquemment impliquée dans les infections nosocomiales et les pathologies liées à ces bactéries continuent à progesser. Cette espèce peut se multiplier en millieu fortement pollué et des recherches sont conduites pour identifier des pratiques favorisant sa diffusion (installation d’épuration) ;
- Des études suggèrent que le contact avec des animaux d’élevages qui, comme les porcs, reçoivent de multiples traitements antibiotiques, est une source de colonisation accrue des éleveurs par des bactéries résistantes. De plus l’analyse moléculaire de certaines souches (staphylocoques de colonisation nasale) ont montré des similitudes génétiques avec des souches d’infection porcine ;
- Enfin, il a été montré pour des souches de Pseudomonas que des résistances pouvaient être due au transfert de gènes issus d’espèces éloignées, en l’occurrence de pathogènes végétaux.

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