On peut considérer "ExternE (External Costs of Energy)" comme la référence en termes de méthode et de résultats pour l’évaluation des coûts externes de l’énergie. Cependant, comme toute méthode, ses limites doivent être posées ainsi que l’intervalle de confiance de ses résultats.
La limite principale provient de l’utilisation de valeurs moyennes pour la concentration des polluants dans les modèles de transmission et d’exposition.
Ce fait néglige la possibilité d’accumulations ponctuelles/momentanées et leurs conséquences éventuelles à la fois sur la santé et l’environnement.