L’autre problème porte sur les incertitudes entachant les évaluations respectives des coûts privés et celles des coûts externes. Une incertitude provient des règles et des méthodes comptables utilisées.
Toutes les faiblesses citées plus haut, font que les études de type « coûts-bénéfices » menées lors de ces études pourraient manquer de crédibilité. Il est à préciser que ces défaillances ne sont pas l’apanage de ces études en particulier. En effet, toute étude de type coût-bénéfice suscite dans bien des cas quelques réticences dues à la susceptibilité qui entoure certaines méthodes utilisées, notamment lors de la monétarisation.