Les atteintes à la santé actuellement prises en compte dans les études sur les coûts externes sont essentiellement, les atteintes graves pouvant se traduire par une augmentation des décès dans la population de référence.
Les pertes de la qualité de la vie humaine, due à des atteintes physiques non létales (notamment les variations de morbidité) ne sont pas chiffrées. Il s’agit ici d’une autre limitation importante à la méthode des coûts externes. Cette limitation est en fait fréquente dans la plupart des méthodes d’évaluation. Comme solution, il est nécessaire d’élaborer des indicateurs rendant compte de différences qualitatives, ce qui est une tâche difficile en soi, qui doit s’accompagner, au surplus, de méthodes complémentaires pour additionner aspects quantitatifs et des aspects qualitatifs.