Les protocoles peuvent présenter plusieurs points faibles parmi lesquels je cite :
 La représentativité des échantillons : des questions peuvent se poser sur les critères de sélection des citoyens, la taille de l’échantillon ... ex : sélection d’habitants non soumis aux tabagisme passif : comment peut-on confirmer ce fait ?
 La durée de l’étude qui pourrait être insuffisante pour aboutir à des résultats qui reflètent la réalité.
 Les critères de sélections des marqueurs de pollution : exclusion de certains marqueurs et certains types de pollution
 La mesure de l’effet cocktail de la pollution
 La pollution étant un phénomène diffus qui n’a pas de frontière selon les communes, comment mesurer la pollution attribuées à la commune de Champlain ?
 Périodicité : la période choisie pour mesurer la pollution et le bruit pourrait être remise en cause, prise en compte des périodes à fort trafic routier ?
 Les moyens utilisées ne permettant pas la mesure des pics (de pollution, de bruit)