Dans ce type d ’étude le choix de la population est faite sur la base de la maladie elle-même, on part d’une population de malades pour étudier un facteur potentiellement en cause. On apparie donc, à la population de malades, une population témoin ayant les mêmes caractéristiques générales que la population atteinte, à l’exception de la maladie étudié. Ce type d’étude s’ecartent souvent des régles de l’épidémiologie analytique en ce sens où les résultats de ces études sont limités par le risque de biais de confusion. De même ces études présentent des risques de biais écologique c’est à dire l’existence de facteurs de risques différents dans les groupes de populations comparés.