La diffusion des médicaments (principes actifs) dans l’environnement est effectivement un problème très important. Les utilisations à usages humain et vétérinaires sont préoccupantes. Après absorption par l’organisme, les médicaments sont excrétés inchangés ou métabolisés par les enzymes de phases I et II dans les fèces et/ou urines. Les molécules éliminées peuvent être très nombreuses et il est quasiment impossible de les rechercher dans l’environnement (on ne peut « détecter » que ce qu’on recherche…). Par ailleurs, il est très probable que des interactions moléculaires existent, on peut donc imaginer la difficulté de détecter ces "nouvelles" molécules et se poser la question de leurs impacts dans l’environnement.

Pour les humains, l’élimination se fait principalement via les sanitaires vers les stations d’épuration (si eaux usées traitées). Les boues des stations d’épuration utilisées pour fertiliser les terres peuvent constituer une source de transfert des résidus médicamenteux dans les sols => atteinte de la chaîne alimentaire.

Pour les animaux d’élevage, ces composés sont éliminés soit directement sur les sols des prairies, soit dans les étables pour se retrouver ensuite dans le fumier et les lisiers, lesquels sont finalement répandus sur les sols de culture => atteinte de la chaîne alimentaire.

Il faut aussi s’interroger sur la persistance et la bioaccumulation de ces substances.