La diffusion des médicaments dans l’environnement est une pollution uniquement humaine. Les caractéristiques de chaque substance dépend de la quantité fabriquée, de sa métabolisation chez l’animal et l’humain, de la biodégradabilité de la substance et de ses métabolites dans l’eau, les sols et les chaînes alimentaires. Il est très difficile d’en évaluer les risques quantitatifs et qualitatifs. Des effets ont déjà été constatés sur la faune et la flore : antibiorésistance, modulation endocrinienne. Les taux de destruction dépendent de la substance et de sa classe (entre 30% et 90%). Certaines récupèrent une forme biologiquement active, après leur passage en station d’épuration. La réglementation actuelle n’envisage pas les conséquences écologiques.
Les enjeux importants concernant le bon état des milieux aquatiques et des ressources en eau repose sur une meilleure connaissance du cycle de vie de ces substances.