La difficulté de résoudre ce problème réside dans le fait qu’il est difficile de distinguer l’émetteur primaire qui est la source de la contamination. Les sources de ces substances bien que provenant en grande partie des humaines malades,ses mélanges avec les effluents des personnes en bonne santé doivent être considérés. La pollution résultante est introduite dans le milieu aux points de rejet des stations d’épuration, par des fuites ou lors de débordements du réseau en cas de pluies importantes. Les effets de faibles doses sur des longues périodes, en mélange avec d’autres substances médicamenteuses ou non, sont mal connus et particulièrement difficiles à étudier, d’autant plus que les méthodes analytiques pour sa limite de détection et de quantification sont très encore très sensibles. Il convient également de préciser que les substances pharmaceutiques présentes dans les eaux usées proviennent de deux types d’effluents à savoir le milieu urbain et le milieu hospitalier. Il est alors très difficile de résoudre ce problème parce qu’il faut tenir compte de l’effet cumulatif de ces substances dans les effluents d’autant plus qu’une synergie peut souvent se créer entre elles.

Il est difficile de mettre en place des mesures de maîtrise de la contamination puisque l’impact des substances pharmaceutiques sur les organismes aquatiques reste encore difficilement caractérisable. Le traitement des eaux usées est ainsi possible mais un dilemme qui se pose pour les décideurs publics provient du fait que la contamination des sols due aux décharges à l’épandage de boue et l’utilisation pour l’irrigation d’eau recyclée peut contaminer les milieux aquatiques et impacter l’agriculture.