Le problème est difficile à résoudre parce que les médicaments sont des substances actives au niveau biologique. Ils ont donc toujours un effet possible sur les organismes vivants autres que les humains. Pour autant, si la suppression totale de tous les médicaments est théoriquement une solution qui mettrait un terme au problème de leur accumulation dans les effluents, elle n’est pas envisageable.

Se pose alors un dilemme quant à la gestion de cette accumulation inévitable des médicaments dans les effluents : Faut-il privilégier :
  Une règlementation plus stricte sur la prescription des médicaments très contaminants,
  L’amélioration des techniques d’épuration des eaux,
  Des restrictions sur l’utilisation des boues d’épandage,
  La limitation de la consommation des espèces pouvant être contaminées,
  L’accroissement des connaissances scientifiques, susceptible d’apporter de nouvelles perspectives, etc.

Cela revient à poser la question : à quel niveau est-il préférable d’agir, sachant que les enjeux économiques, sanitaires et environnementaux sont importants ?