L’accumulation des médicaments dans les effluents pose des problèmes difficile à résoudre à cause de l’absence de connaissances scientifiques sur les effets à long terme tant sur l’homme que sur les écosystèmes puisque la connaissance scientifique est peu avancée concernant l’évaluation des risques sur la santé humaine et sur les écosystèmes pour les expositions à ces résidus. Il existe même des incertitudes dans l’évaluation des exposions à des substances résiduelles en question. Alors, le dilemme qui se pose aux pouvoirs publics par rapport à sa gestion est l’application ou non du principe de précaution dans la mesure où les effets néfastes à long terme sur l’homme et les écosystèmes ne sont pas clairement établis.