Ce problème est particulièrement difficile à résoudre car on ne peut agir que sur les sources d’émission fixes (industries) de ce polluant (norme, taxe, etc.). L’excrétion des substances actives dans l’environnement par les malades n’étant pas volontaire, l’émission ne peut donc pas être facilement maitrisée.
Le dilemme pouvant provenir de la gestion de ce problème par les pouvoirs publics surviendrait du fait que même si des systèmes d’épuration efficace sont mis en place pour purifier les eaux pollués, les boues issues de cette épuration seront une autre source de préoccupation car avec l’autorisation d’usage pour amender des terres agricoles, il peut se produire un transfert de résidus médicamenteux dans les sols et donc aussi dans les végétaux cultivés ou chez les animaux qui paissent dans les prairies.