D’une part, les sources d’émissions sont diffuses, consécutives aux rejets de substances médicamenteuses et de leurs dérivés par la population humaine et les animaux d’élevage dans les effluents.

Les stations n’ont pas été conçues pour traiter spécifiquement des composés organiques à l’état de traces comme le sont les médicaments. Dans les STEP, la biodégradation conduit à des transformations très variables selon les molécules. Certaines stations d’épuration peuvent même transformer certaines substances et leur redonner une forme biologiquement active.

Par ailleurs, on connaît encore mal les voies d’exposition pour l’homme et il est aujourd’hui difficile de mesurer les effets environnementaux et sanitaires liés à ce problème.
Pour les pouvoirs publics, le retour sur investissement peut paraître hasardeux. En effet, compte tenu des sources diffuses et de la multiplicité des acteurs impliqués (labos, hôpitaux, médecins, particuliers, stations d’épuration, ...), le coût des actions peut être important. Hors, sans connaissances approfondies sur les modes d’exposition et les effets sur la santé, les bénéfices sont aujourd’hui mal connus et difficilement chiffrables.

D’autre part, il apparaît difficile de mettre en balance l’intérêt sanitaire de certains médicaments et le risque environnemental associé. Les médicaments existants sont aujourd’hui exemptes de l’obligation de connaissance de leur impact environnemental : cet aspect doit-il rentrer en compte dans la décision publique de mise sur le marché ?