Il s’agit ici de libération dans l’environnement de substances actives excrétées par les consommateurs et non de déversements volontaires, potentiellement évitables.

Il s’ensuit que la réduction à la source ne peut se faire aussi facilement. Dès lors, des systèmes d’épuration très efficaces devraient être conçus pour extraire les médicaments des eaux usées (c’est à dire les fixer dans les boues d’épuration). Les eaux clarifiées, indemnes de polluants médicamenteux, pouvent être rejetées dans le milieu naturel. Par contre, les boues seraient alors particulièrement enrichies en médicaments, ce qui poserait un problème pour leur utilisation en agriculture.