Les effets sur les espèces aquatiques (algues, invertébrés, poissons) sont mal connus. Pour l’instant, on se base sur une extrapolation des effets aigus à court terme, pour caractériser les effets chroniques. Cette extrapolation repose sur des concentrations prédites sans effet (PNEC), obtenues à partir des PEC (concentration environnementale prédite) et de données hydrauliques. Cependant, cette méthode se révèle fausse pour certains médicaments, car elle repose sur des facteurs d’estimation unique (RAC : rapport aigu/chronique). D’autres part, il est très difficile de prévoir les impacts de manière locale car les prévisions sont fondées sur des valeurs hydrauliques moyennes régionales et ne prennent pas en compte les variations à petite échelle. Un dilemme se pose concernant l’épandage dans les régions agricoles, à partir des boues d’épuration : les IPA proviennent des excrétions et contaminent les eaux résiduels puis les eaux de surface. 25% des de ces IPA sont des anti-infectieux et ont des impacts sur les algues, ce qui peut déséquilibrer localement l’écosystème. De plus, les effets d’expositions chroniques à long terme sont très difficile à évaluer.