Comme toute méthode, ses limites doivent être posées ainsi que l’intervalle de confiance de ses résultats. Ses limites proviennent principalement de l’utilisation de valeurs moyennes pour la concentration des polluants dans les modèles de transmission et d’exposition. Ce fait néglige la possibilité d’accumulations ponctuelles et momentanées et leurs conséquences éventuelles à la fois sur la santé et l’environnement. Néanmoins, il faut considérer la prudence systématique des études, qui se traduit par le choix répété des valeurs les plus élevées pour les dommages.