La biosurveillance des milieux naturels implique qu’il faut choisir un certains nombre d’espèces représentatives de ces milieux, qui représentent, pour prendre l’exemple du milieu aquatique, les trois niveaux trophiques : algues, invertébrés et poissons.
En fonction de la durée et des doses utilisées, les deux types de toxicité peuvent être abordés : toxicité aiguë (quelques minutes à quelques heures en fonction de la durée de vie de l’espèce étudiée) ou chronique, caractérisée par l’exposition à de faibles concentrations lors d’un stade critique du développement des organismes ou sur une durée significative du cycle de l’espèce étudiée.
Les paramètres définis expérimentalement sont similaires à ceux de la toxicologie : CE50 (concentration à effet 50%) ou CL50 (concentration létale 50%) pour la toxicité aiguë et CSEO (concentration sans effet observé).
La PNEC est déterminée à partir de la concentration la plus faible d’une substance ayant un effet sur un des organismes de la chaîne trophique que ce soit une CE50 pour un organisme ou une NOEC pour un autre. Cette valeur est ensuite divisée par un facteur d’extrapolation qui dépend du nombre et de la nature des informations disponibles pour l’écosystème. Le facteur d’extrapolation est plus élevé si l’on dispose seulement de données de toxicité aiguë que si des données de toxicité chroniques sont disponibles pour chaque niveau trophique.