L’utilisation du terme naturel, que ce soit en association avec le milieu ou pour caractériser son état, peut prêter à confusion. La notion de milieu naturel se confond avec celle d’écosystème, pour tout milieu n’ayant pas subi une trop forte anthropisation. En clair, l’état naturel caractérise un milieu tel qu’il peut être sans les impacts des activités humaines. Ceci n’est pas trop difficile si l’on utilise le simple critère de la teneur d’un polluant donné (par exemple 10mg/l de nitrates). Pour autant, dans l’acception de la DCE, le critère de bon état d’une masse d’eau ne se limite pas au seul critère chimique.
Le dosage des polluants d’intérêt nous fourni des indications quant à la contamination des masses d’eau par les nitrates, les pesticides, des solvants, certains métaux, des éléments radioactifs, etc. Il nous faut néanmoins un niveau de référence. Le fond géochimique peut être responsable d’une variation des niveaux de substances présentes sur la surface de la terre. Il nous faut définir quels sont les milieux qui ne reçoivent pas des rejets d’activité. Pour des polluants naturellement présents à des concentrations faibles, le seuil peut ne pas être très précis. La valeur de 10mg/l de nitrates est plus un seuil de gestion : toute valeur supérieur peut être attribuée à une contamination d’origine humaine. Le cas du mercure est plus complexe. Les éruptions volcaniques en émettent une petite partie. De plus le mercure est transformé en formes bioaccumulables. Si aujourd’hui des organismes de la partie supérieure de la chaîne trophique (poissons carnivores) en contiennent des doses qui peuvent présenter des risques pour la santé, c’est bien le résultats de l’activité humaine (effluents industriels, incinération...).
L’état du milieu doit aussi être jugé sur les paramètres physicochimiques (température, oxygénation), écologiques (hydromorphologie) et biologiques (populations végétales et animales diversifiées). Un milieu artificialisé (rectification des berges, creusement excessif du lit mineur, suppression des zones d’expansion) est généralement moins riche en biodiversité. Ce qu’il faut retenir c’est que le bon état ne signifie pas « laisser faire la nature ». L’intervention de l’homme pour la bonne gestion des milieux est souvent nécessaire. L’homme néolithique a bien défriché de grandes surfaces boisées pour récupérer des terres cultivables. Les éléments régulateurs du phénomène de ruissellement que sont les haies ont bien été plantées. Certains plans d’eau nécessitent de la lumière pour conserver leur biodiversité. Il faut donc périodiquement retirer une partie des arbres qui pousseraient trop près des berges.
Nos conceptions de milieu naturel et de bon état se sont progressivement modifiées au fur et à mesure de la découverte de l’étendue des dysfonctionnements et du constat de dégradation des écosystèmes. Dès lors, nous nous sommes fixé des objectifs de restauration (sur la base de principes écologiques), en même temps que des actions ont été initiées pour les réductions des polluants à la source (eaux usées, rejets industriels, pollution d’origine agricole). Certains paramètres sont visés dans le sens du bon fonctionnement du milieu (p. ex. matières en suspension, matières organiques → impact sur l’oxygénation). Bien sûr, parmi les polluants il y a aussi des substances dangereuses (pour la santé), nécessitant des mesures spécifiques (jusqu’à l’interdiction). Enfin certains usages nécessitent une surveillance et des traitements plus poussés (eau potable, eaux de baignades).
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