Quelques problèmes pratiques existent, au-delà de ce fonctionnement théorique (Tietenberg [1] ; Hahn et Hester [2]) :
dans le cas que nous venons de voir, on a une offre fixe exogène de droits mis en vente par l’État. On peut imaginer que les victimes de la pollution ou les associations les représentant ou représentant la « défense de la nature » puissent également intervenir sur le marché comme détenteurs de bons . Ils peuvent acheter certains des bons émis et les « stériliser », ce qui va réduire d’autant l’offre disponible pour les pollueurs. On aura donc - toutes choses égales par ailleurs, notamment la demande de bons émanant des firmes pollueuses - une élévation du cours du bon, par exemple de C1 à C2, (passage de 0Q1 à 0Q2) et une réduction plus grande encore de la quantité de pollution résultante. L’État lui-même peut, au lieu d’allouer une offre de bons fixes, faire varier les quantités disponibles en intervenant sur le marché par des achats et des ventes de droits, c’est-à-dire en pratiquant une véritable politique d’« open market » ;
le problème des modalités de l’allocation initiale est lui aussi intéressant. Les partisans de cette solution ont eu tendance à dire que l’allocation initiale n’avait pas d’importance puisque le jeu du marché allait de toute façon réallouer les droits entre les firmes. Cette allocation peut se faire gratuitement au prorata des pollutions existantes lors de la mise en place du système. Cependant, on peut aussi imaginer de faire payer aux firmes les droits initiaux par un mécanisme d’enchères, les firmes soumissionnant par exemple pour obtenir les bons correspondant à leur pollution. Ceci présente l’avantage de fixer déjà lors de l’allocation initiale des droits une évaluation du cours du droit qui pourra guider le marché lorsque les échanges de droits commenceront à avoir lieu ;
le gros problème pratique du système est le respect de la règle « pas de pollution sans titre », c’est-à-dire que l’autorité en charge du système puisse s’assurer en permanence qu’aucune pollution n’est déversée sans possession des bons correspondants et que ceux-ci sont bien « neutralisés » une fois que les rejets qu’ils couvrent sont effectués. Ce contrôle peut entraîner des coûts élevés de gestion du système.
L’essentiel de l’avantage du système de droits de pollution consiste dans le fait que, contrairement au système de l’internalisation par une taxe, il ne nécessite pas la connaissance de la courbe des dommages, mais seulement de celle des coûts de dépollution qui est souvent beaucoup plus facile à établir. Il présente également un immense avantage qui est de permettre à l’autorité de fixer les quantités de pollution et de laisser le prix s’ajuster.
En revanche, dans le système de la taxe, on fixe le prix (le niveau de la taxe) et le résultat sur la pollution dépend des caractéristiques des coûts et des profits marginaux. On n’est jamais sûr d’avoir fixé le taux de la taxe au niveau adéquat pour atteindre un objectif donné de dépollution. Dans le système de droits de pollution au contraire, l’objectif de qualité constitue la variable exogène du système, et on est assuré qu’il sera atteint au moindre coût.
Les échanges de quotas étant possibles entre sources de pollution, ils favorisent la croissance des firmes les plus efficaces même dans une zone où tous les permis sont attribués.
Pour certains, l’approche par les permis est plus flexible que l’approche par la taxation, dans la mesure où il serait plus facile pour l’agence de diminuer le plafond global d’émission que d’augmenter le taux d’une redevance. II en résulterait que les permis seraient mieux adaptés lorsque l’on vise une diminution progressive de la pollution. Cet argument est toutefois naïf, car quel que soit l’instrument, les groupes de pression essaieront d’obtenir que les objectifs à réaliser soient les moins contraignants possibles. Aussi les plafonds ne font parfois qu’exprimer les concessions que les pollueurs acceptent de faire.
Les autres avantages des permis sont identiques à ceux des taxes ou des redevances, et tiennent à leur flexibilité et à leur caractère incitatif. Aussi, par rapport à la taxation, l’avantage le plus manifeste vient de ce qu’ils fournissent une solution au problème d’asymétrie d’information entre l’agence et les pollueurs.